Yo para esas cosas uso uno de pago, el Ashampoo Shrink&burn. Lo bueno que tiene, aparte de que es la simplicidad de uso personificada (como todos los productos de Ashampoo, que son muy buenos), es que puedes definir exactamente el tamaño final que quieres que tenga el archivo. Simplemente cargas el archivo que tengas, le dices que quieres que ocupe X megas y él solito se encarga de buscar la mejor calidad posible de vídeo y audio que quepa en ese espacio.