Con la terminal y wildcards debería ser sencillo. Por ejemplo, si tienes muchas carpetas y quieres mover todo el contenido de esas carpetas a otra, pues: move *\* destino\
Si lo prefieres con rutas completas pues algo así:
move "C:\carpeta\lalala\dentro_de_este_directorio_estan_las_carpetas\*\*" "C:\lerele\destino\"
Edit: bueno veo que ya lo has solucionado ^^