Lo suyo es que en el acuerdo de devolución, figure explícitamente la cantidad que te tienen que detraer por la multa. Si no figura puede que no la tuvieran en cuenta, o no sea ese el procedimiento seleccionado. En cualquier caso, puedes entrar en la pagina de la AEAT, pillar el número de teléfono y preguntar...aunque ese tipo de información no te la van a dar por teléfono, pero te pueden orientas. Lo suyo es que mandes un escrito dirigido a tu Administración que te corresponde por código postal.
Ahh, y si al final es que te han devuelto de menos, a partir del 1 de Enero, intereses a tu favor...