Lo que esté en contacto con la fuente está puesto a masa (0V). Es malo que eso ocurra con componentes que no tengan que estar a 0V, pero al disipador se la pela (de hecho imagino que estará a masa de la placa base para temas de electricidad estática). Así que desde un punto de vista de electricidad da igual que estén separados 2mm o que se estén tocando.
Tener el chasis abierto ya te digo que mejora la refrigeración. Entre 10 y 15ºC en mi caso en verano xDDD Pero vamos, que no creo que sea necesario llegar a ese extremo.