A los otros USB, ¿te refieres a los del frontal de la torre? Estas conexiones USB, tambien pertenecen a la placa.
El problema puede ser de la placa base, que se hayan estropeado 2, 4 o 6 de los puertos USB. Si tienes algun live cd, prueba a ver si te funcionan los puertos USB arrancando con el mismo.