Ami me paso cuando actualize de 3.0.x a 3.5.x (las x es por que no me acuerdo de la version).
Lo que hice fue desinstalar, borrar los residuos de x:\archivos de programa, los perfiles y datos del programa (la ubicacion varia dependiendo del SO). Reinstale y todo fue felizidad, aunque perdi mis marcadores, pero como la mayoria los recordaba, no hubo tanto problema.
Salu2