coloca el disco duro donde gustes, despues inserta el disco de instalacion de windows y desde el programa de instalacion das formato a ese disco duro nuevo y las particiones que gustes -por default lleva una particion-. Ya de los demas se encarga la computadora por que el instalador agregara un archivo en el MBR -sector de arranque maestro- del disco duro donde esta el programita que indica abrir el sistema operativo, cuando prendes la computadora el BIOS busca este programa en el MBR.
Al otro disco duro -el viejo- le aplicas formato nuevo para quitar ese archivo MBR y ya no sea mas un disco de arranque del sistema, esto lo puedes hacer desde el mismo instalador de windows porque detectara los 2 discos duros, solo recuerda fijarte bien cual es el disco donde instalaras windows despues de formatear ambos.
