Los SATA no necesitan configuracion alguna mas que si estaran en modo SATA -1.5Gbps- o SATA II -3.0Gbps-. Los IDE puedes dejarlo en seleccion por cable ambos y sea la controladora que se encargue del resto o bien configura uno como maestro/master y el otro como esclavo/slave, recuerda que un canal IDE solo puede albergar 2 dispositivos siendo unomaestro y el otro esclavo.
Y si, la posicion que ocupe en el cable IDE reflejara si es reconocido como maestro o esclavo cuando usas selecccion por cable/cable_select.