pues a veces windows XP y VISTA se ponen quisquillosos con cambios grandes del sistema pero te debe permitir entrar en modo a prueba de errores y desde el administrador de dispositivos o desde agregar/quitar programas desinstalar los controladores de la vieja tarjeta madre, al reiniciar y entrar en modo normal dejar que windows instale sus controladores genericos y despues ya instalamos los controaldores de la nueva tarjeta madre.
Yo recomiendo tener al menos 2 particiones en el discod uro, una para windows y programas y la otra u otras para los archivos que vayamos generando o bajando -recomiendo mover tambien la carpeta MIS DOCUMKENTOS a una de estas particiones extra- por si es necesario reinstalar windows.