Siempre que la gráfica lo soporte y dependiendo del modo. Por ejemplo mi portátil puede sacar 1024x600 para él (su resolución) y 1680x1050 para el monitor (también su resolución) si lo tengo en modo dual head (esto es, un monitor al lado del otro).
La forma de hacerlo, en windows, dependerá de la gráfica. En el portátil, con gráfica intel, en windows los drivers te dejan elegir las opciones del multimonitor en el icono de la bandeja del sistema; en linux/gnome se hace con 2 clicks en las opciones de pantallas/resolución.
