[Webmasters help] ¿Cual puede ser el origen del fallo?

Hola a todos.
Estoy liado en unas modificaciones en un website y tengo un problema aparentemente tonto pero llevo ya 2 días buscando y buscando y no encuentro la solución.
El tema es el siguiente:
Tengo una aplicación basada en php y está subida y correctamente configurada en:
http://www.miwebsite.com/aplicacion
Cuando accedo allí debería mostrar el index.php ya que así lo he indicado en el .htaccess:
DirectoryIndex index.php

<FilesMatch "\.(php|inc)$">
Order allow,deny
deny from all
</FilesMatch>
<FilesMatch "(index.php|dl.php|ut.php|lt.php|download.php)$">
Order allow,deny
allow from all
</FilesMatch>
#php_flag magic_quotes_gpc on

Pero en vez de mostrar el index.php me muestra el contenido de dicho directorio (Directory Listing).
Tengo que forzar la URL indicando index.php al final: http://www.miwebsite.com/aplicacion/index.php, pero esto no me interesa ya que afecta a más cosas.

Y creo que por culpa de esto también pasa esto:
Cuando entro en la aplicación (escribiendo manualmente index.php) todos los links que contiene el panel de control de la misma no funcionan y te llevan otra vez al Directory Listing.
Un ejemplo. Un link del tipo: http://www.miwebsite.com/estatico/aplicacion/?page=users me muestra el directory listing.
Si manualmente escribo "index.php" entre la "/" y el "?" de manera que la url queda así: http://www.miwebsite.com/estatico/aplicacion/index.php?page=users luego si que va donde debería.

Comentar que localmente me funciona bien...

Vaya tochaco [+risas] Cualquier ayuda es bienvenida
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