Por poder claro que se puede. Es como meter archivos del disco duro al Mp3 o pendrive. Pierden su seguridad, lo que son los permisos que le puedas haber asignado vaya. Algunos pueden quedar obsoletos tengo entendido, pero no es algo que haya probado y no lo puedo asegurar. Seguramente esto se base en pasar un XP a un Windows 98 por ejemplo, donde dé esos errores si no es formateando el disco duro o simplemente ni te deje hacerlo. Con qué programa hacerlo, pues yo creo que el más reconocido en esto de particiones es el que te han dicho, el Partition Magic.
Los de más de 4 GB partiéndolos no tendría que darte problemas, prueba a hacerlo con uno de prueba y a ver que tal.
Saludos