Respecto a la primera duda, puedes tener soporte de lectura/escritura con una partición ntfs así que, en principio, puedes guardar los archivos bajados con jdownloader donde te plazca.
No sé ninguna lista de programas. La mayoría te van a venir de serie, y Ubuntu tiene una cosilla para instalar paquetes que te los ordena por categoría, con su buscador y demás.
Para Ubuntu te vendrá bien la guía ubuntu ésa, la gran mayoría de tus dudas estarán resuelta ahí seguro:
http://www.guia-ubuntu.orgRespecto a tu ordenador viejo, en principio cualquier distribución te va a servir, yo uso uno similar y no he tenido problemas. Eso sí, aléjate de distribuciones pesadas como Ubuntu. Como eres nuevo, no creo que seas capaz de montarte un archlinux desde cero, y mandriva, que es la que recomiendo a novatos, no sé cómo va de rendimiento... Yo tiraría por una debian con xfce (aunque iría bien con gnome, kde o lo que le metas).