1º Si actualizas el firmware, perderás todos los datos, no obstante, en la página de seagate si introduces el número de serie de tu HDD te dirá si es necesario o no actualizar el firmware. Los sintomas de los HDD Seagate y Maxtor tan famosos, son que el HDD en un determinado momento se para, no gira, nada que ver con que detecte más o menos gigas.
2º Lo más probable es que tengas un Windows con SP1, y no te reconozca más gigas o tengas alguna partición oculta o sin formatear, típico de cuando se toquetea con programas que gestionan particiones.
Lo del jumper que limita la capacidad, es para equipos con placas bases antiguas con controladores que no son capaces de gestionar más de 32 gigas.No es este el caso.