a nivel profesional (a nivel ingeniería por lo menos) por desgracia hay muchas aplicaciones que no exiten e incluso drivers para dispositivos aunque quieras crearte tu tus propias aplicaciones para acceder a ellos.
a nivel usuario doméstico aparte de los juegos creo que no hay nada que falte, a lo mejor algún dispositivo concreto (aunque siempre hay alternativas) pero software creo que hay absolutamente de todo y muy bueno en muchos casos.
lo que no hay es un photoshop (a mi con el gimp me sobra) por ejemplo, para la gente que sabe usarlo. el caso también es cuánta gente de la que tiene photoshop en casa lo tiene sin piratear y qué haría esa gente si no pudiera tenerlo gratis.
alternativas hay prácticamente para todo (domésticamente hablando), lo que no hay son ganas de aprender, cosa que respeto también, porque hay mucha gente que la informática se la pela, es una herramienta y nada más, igual que los que arreglan ellos mismos sus coches y el resto que lo llevamos al taller...