No deberias de tener ningún problema, si el software que instalas te da opción de elegir ruta es por algo.
Si quieres cambiar la ruta por defecto para siempre a la particion E o a la que quieras, lo puedes hacer directamente desde el registro de windows en:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion y editar la clave alfanumérica "ProgramFilesDir"