1- HDA es el audio que se usa actualmente. El AC97 es más antiguo, pero las cajas siguen trayendo ese conector por compatibilidad. Conecta solo el HDA (doy por hecho que tu equipo es nuevo).
Cuidado con los cables, que la puedes liar parda. Yo he visto combinaciones curiosas: Ordenadores que solo encienden si tienes pulsado el botón de reset. Otros que se encienden solos y se apagan al darle al botón de encendido... xDDD Lo bueno es que si te equivocas no pasa nada (siempre que no sea mucho rato, claro).
2- El led tendrá su + y su -, como todo.
3- Los negativos son los negros, los blancos, los amarillos o los a rayas negras y amarillas. O sea, que en tu caso:
Reset SW- cables azul (+) /blanco (-)
HDD led - cables rojo (+)/negro (-)
Power SW - cables verde (+)/negro (-)
De todas formas me extraña que en el conector al final del cable no lo ponga. En la mía venía, pero supongo que depende de la caja.
4- Los ventiladores van a la fuente.
