Ese mensaje sale cuando la peli en mkv no está codificada de forma que se pueda hacer la conversión a mp4 del tirón, osea, sin recodificar. Suele ser porque el Cabac frame esté alto (superior a 4 más o menos). Puedes ver este dato con el mediainfo.
Quizá sea también por otra cosa más que no he llegado a darme cuenta. Sé lo del cabac frame porque cuando la recodifica el mismo gotsent, el archivo tiene las mismas características, y el cabac frame está a 3, por lo que deduzco que ese el cambio que hace que funcione (bueno y cambiar el perfil del archivo a 4.1, pero esto lo hace sin tener que recodificar)
Jai.