ay entiendo tu idea, lamentablemente no es posible o almenos yo no se como, pero para compartir los archivos ambas pc deben estar encendidas, la unica manera de hacer algo como lo que quieres es mediante un disco duro externo conectado a la red y que ambar puedan acceder a el en cualquier momento a todas las carpetas.
Lo de los permisos no es tan problematico ya que como te mencioné el Windows Vista autentifica a los usuarios mediante las cuentas locales, es decir si activas en el centro de red la opcion de archivos compartidos al intentar acceder al sistema te pedirá login y pass, si lo haces con un user de admin pues tendra acceso total a los archivos, si solo accede a las carpetas que windows pone compartidas por default solo tendrá acceso a ellas y solo mediante lectura, la verdad esta opción de Windows VIsta es fabulosa... en Win Xp también se puede pero es bastante más lioso hacerlo funcionar bien.
Si quieres puedes pasar a la carpeta pública los archivos a compartir o darle click derecho a una carpeta cualquiera (puede ser incluso C:, pero no lo recomiendo) y darle en propiedades y luego compartir y una vez terminado eso aparecera en las carpetas públicas, yo hago eso ciertas carpertas estan así disponibles a todos los usuarios, pero si necesito algo particular que esta en mi usuario y restringido pues hago login con mi user y password y me da acceso a mis documentos (y de los demás al ser el admin)
Espero te haya ayudado en algo, cualquier duda aqui seguiré.
Saludos