Parece que no solo es necesario ser administrador si tienes el UAC activado.
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Regsvr32 stuff has to be done from an elevated Command Prompt (assuming UAC is kept enabled). To open an elevated Command Prompt, click Start, click All Programs, click Accessories, right-click Command Prompt, and then click Run as administrator.
----traduzco---
inicio->todos los programas->accesorios->boton derecho sobre simbolo de sistema->click sobre correr como administrador
introduce esta linea en la linea de comenados que te aparece: "C:\Windows\System32\regsvr32.exe C:\Windows\System32\FLVSplitter.ax"
PD. también podrías pasarlo a mkv sin recomprimir, tengo una aplicación que lo hace, vetusta pero no falla si el FLV esta bien.