pues es bastante probable que el windows espere un hard y al encontrarse otro se vuelva loco... instala windows en el HDD nuevo y luego le vas pasando la informacion del viejo, luego lo formateas y lo dejas como secundario...
PD: no tengo claro que funcione, pero si quieres mantener el windows del HDD viejo, prueba a arrancar a prueba de fallos (F8 antes de la pantalla de carga del windows y escoges la opcion), bajate los programas CCleaner, DriverCleaner (y si conoces alguno mas para limpiar drivers pues a por el), vete desinstalando todos los drivers y dispositivos (por ejemplo desde el administrador de dispositivos) y reinicia... quien sabe a lo mejor salvas el windows...
PD: otra opcion es usar un Linux LiveCD para pasar los datos de un HDD a otro si te urge acceder a ellos...