Buenas, yo paso mkv a wmv, aunque es un trabajo un poco pesado, ya que hay que jugar con el bitrate para encontrar una calidad similar al mkv, y si la peli en cuestion está en ingles, pues a pelearse con la sincronisacion, con el audio en castellano.
Por cierto, no conocía este xenomkv, parecer interesante, voy a echarle un vistazo, y te cuento.
Saludos.