Prueba cada altavoz conectándolos por separado a la tarjeta de sonido para comprobar si funcionan, y de paso compruebas las salidas de la tarjeta de sonido. Luego conéctalos a cada salida del subwoofer para asegurarte que también funcionan.
Si todo funciona ok por separado, entonces es un fallo de configuración del 5.1, trata de hacer un esquema de como lo tienes conectado ¿Suenan tres altavoces en todo momento, películas, juegos, etc?