1. Sí, mejor en NTFS.
Por ejemplo una característica es que puedas tener almacenados archivos cuyo tamaño sea superior a 4GB.
Y luego aparte el FAT32 ya es antiguo, y en unidades de gran tamaño "rinde" peor que el NTFS. De hecho a partir de 2TB ya no hay más remedio que usar NTFS.
2. Con el que quieras, mismo con Windows.
3. Bueno... eso es discutible. Se supone que si tienes particiones pequeñas, es más rápido al leer la "Master File Table". Pero tampoco creo que se note mucho en los tiempos que corren.
Por otro lado, supongo que el pensar en qué particiones hacer es cosa tuya (si quieres tener por ejemplo vídeos en una partición, y música en otra....... si quieres instalar algún sistema operativo en una, y todo lo demás en otra... etc....).
