El disco duro tiene que ser más rápido, ya que el bus de datos casi nunca se colapsa por exceso de información, lo que determina la velocidad es el buffer de memoria, la velocidad del disco duro y su capacidad, todo ésto influye mucho más que el bus de datos.
La razón de ser más rápido, aun no habiendo subido de revoluciones (aunque si el anterior era de 40gb es posible que fuera de 4200rpm, frente a las 5400rpm mínimas que suministran ahora), es que al tener mayor capacidad la densidad de datos es mayor, por lo que se lee más por vuelta que si fuera de menor capacidad, en lo único que perjudicaría es en el acceso a datos, al tener mayor capacidad, hay más datos, de ahí que cueste más llegar.
Es posible que el formateo realizado sobre el disco duro no sea el conveniente, es decir, en un principio tenías el disco duro antiguo como unidad FAT32, bueno, éste sistema de archivos se vuelve más lento conforme aumenta el tamaño del disco duro, por lo que para discos duros grandes es conveniente que esté formateado con NTFS.
Si te hace mucho ruido, lo más seguro es que esté algo dañado el disco duro, se supone que es nuevo y entonces, no debería de hacer ningun ruido, si lo hace es porque alguna pieza roza con algúno de los platos, es posible que fuera dañado durante el transporte a la tienda, o que tú al realizar el transporte lo hayas dañado.