Según la propia Microsoft cuando en el Modo a Prueba de Fallos, Windows se apaga con normalidad, el fallo se encuentra en algún hardware externo, controlador, driver o servicio mal instalado o inestable.
Podrías empezar a cerrar procesos del sistema para descartar que lo esté provocando algún programa de los que tenga instalado ese equipo (CTRL ALT SUPR). Por supuesto, tampoco está de más cerrar todos los programas que veas en la barra de tareas (antivirus, antitroyanos, cortafuegos etc...)
Luego mirar si hay algún dispositivo USB conectado o un HUB USB que sea el que esté provocando que Windows no termine de cerrarse correctamente. Por ejemplo, un modem, tarjetas de almacenamiento, un pad, una impresora... todo lo que pueda haber conectado a los USB. Ve quitandolos a ver si logras que se cierre y luego ve descartando dispositivos, hasta que encuentres cual es el que provoca ese problema.
Otra opción es ir a INICIO - EJECUTAR. Escribe: msconfig
Vas a la pestaña de Inicio y ve desactivando los elementos que creas que pueden provocar el problema. A unas malas, pulsando el botón Deshabilitar Todo, lo haces mas rápido aunque ten cuidado con no quitar algo que necesite el equipo para arrancar.
También se me ocurre, el intentar restaurar el sistema a una fecha anterior a que sucediera el problema (INICIO - TODOS LOS PROGRAMAS - ACCESORIOS - HERRAMIENTAS DEL SISTEMA - RESTAURAR SISTEMA).
Para terminar si ninguna de estas soluciones han sido satisfactorias, te dejo con un enlace oficial de Microsoft para solucionar estos problemas:
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;es;308029Un saludo y suerte.