No tendrás problemas con esa placa base. Lo de que ocupa dos slot es porque es el doble de ancha que una tarjeta normal, pero sólo necesita un slot PCI Express. En tu caso tapará el slot PCI x1.
PD: ¿Qué micro y que fuente de alimentación tienes? Porque lo mismo no te interesa comprar esa tarjeta, o directamente, tu fuente no puede "darle de comer".
EDITO: acabo de fijarme que tu slot PCIexpress es v1.0a y no 1.1. Eso no se si te puede generar alguna incompatibilidad.