No sé si habrá una herramienta específica, te digo cómo hacerlo con gimp (una forma, que seguro que hay varias).
- Abres la imagen
- Eliges la sección en la que quieres mantener el color. Para seleccionar una zona tienes distintas herramientas de selección: por color, rectangular, a mano alzada, región continua... Supóngamos que quieres mantener el color de unos ojos, eliges la herramienta de selección libre (el icono de un lazo), marcas alisado y difuminar los bordes, unos 3px por ejemplo. Seleccionas el contorno de un ojo, pulsas shift y seleccionas el otro ojo.
- Inviertes la selección. Seleccionar -> Invertir
- Quitas los colores. Colores -> Desaturar, eliges cualquiera de las 3 posibilidades (el resultado variará, prueba con los 3 a ver cuál te gusta más) -> Desaturar
Saludos