El ZSnes es MUCHO más rápido que el snes9x (o solía serlo). Así que si tienes problemas de velocidad, ya sabes. Por otro lado, el Snes9x ha ido asimilando con los años todas las novedades que se originaron en el Zsnes (emulación del chip C4, SDD1 con y sin packs gráficos...), así que básicamente en cuestión de compatibilidad andan a la par. Actualmente yo prefiero el Snes9x aunque solo sea por su capacidad para mostrar el modo 7 con filtrado bilinear.
Aun así, he oido muchas veces que ni el ZSnes ni el Snes9x gozan de la exactitud del bsnes. Personalmente nunca lo he probado, pero si encuentras algo que no funciona correctamente, dale una oportunidad.