Tienes que usar el mismo encoding que los fuentes que te pasaron. La mejor práctica es programar siempre en UTF-8, que es válido para Windows y Linux. El Eclipse de Windows tiene por costumbre venir con la codificación Cp1252, y cuando te pasan fuentes programados bajo Linux se joden los caracteres. Para cambiar la codificación en Eclipse es fácil:
Window -> Preferences -> General -> Workspace
En NetBeans no sabría decirte ahora, no lo recuerdo, pero el consejo es el mismo: UTF-8
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