Tendrías que haber utilizado este hilo para hacer las preguntas, pero aún así te voy a responder aquí
hilo_hilo-oficial-saga-metal-gear-4_894800?hilit=saga%20metal%20gear#p1709917575- El Roy Campbell con el que mantiene contacto Raiden es en realidad el GW, una I.A. encargada de controlar la información digital que se hace pública para mantener en el poder a "Los Patriots"... pero en el caso de Rose, ya que aparece en el vídeo final junto con Raiden deduzco que ella es real pero, ¿Raiden ha estado hablando con el GW simulando ser la verdadera Rose o la Rose real ha colaborado con GW para engañar a Raiden y así cumplir el plan de "Los Patriots" respecto a Raiden?
El caso Rose tiene opiniones muy variadas... lo más plausible es que durante toda la misión fuese ella de verdad, aunque al final es la otra IA (JFK) mientras el coronel es la IA GW. Así al final, quizás Raiden la perdona pensando en su futuro hijo, o porque no quiere creelo... esperemos tener una respuesta en MGS4.
- Se supone que el plan S3 de "Los Patriots" es una forma de recoger datos poniendo un escenario y varios actores simulando ciertas situaciones, pero ¿que fin van a tener esos datos? ¿Recrear una realidad virtual al estilo Matrix?
Esa teoría del S3 es la que, según la IA del Coronel (GW) le dijeron a Ocelot engañándole. Según la mencionada IA, S3 significa "Selection for Social Sanity", y es un proyecto para que los humanos progresen, ya que a visión de los Patriots están "estancados".
- Después del inimaginable accidente del Arsenal Gear en la parte final, antes del enfrentamiento final con Solidus, Raiden habla por Codec con Campbell y Rose de nuevo, los cuales insinúan que no son humanos... ¿son una I.A. programada por "Los Patriots" o acaso son otra raza extraterrestre o similar?
No, extraterrestres no, más bien a que són "virtuales".
- En uno de los vídeos de promoción de MGS4, no recuerdo si el del E3 o el TGS, se muestra un combate de Vamp contra... ¿Raiden? ¿Es un traje de "ninja" como el de Olga de MGS2 o es un exoesqueleto como el de Gray Fox de MGS1? ¿Esto se explica en la tercera parte?
Primero, no se explica en la tercera parte, por lo que aún es un misterio. Y no es como el tema Olga, que era más bien un disfraz para recordar a Gray Fox, sino un exoesqueleto por necesidad, ya que Raiden sólo mantiene la cabeza y el tronco de su cuerpo original (causas aún desconocidas).
- Al final del juego Otacon explica a Snake que ha encontrado información sobre "Los Patriots", pero que han muerto hace más de cien años... ¿acaso no querían el actual presidente del gobierno y el anterior (Solidus Snake) pertenecer a "Los Patriots"? ¿Cómo pueden estar muertos entonces? ¿Acaso quien realmente controla todo es la I.A. que supuestamente programaron "Los Patriots"?
Esto sí que se explica en MGS3, así que te lo pongo en spoiler por si quieres descubrirlo al jugarlo (te recomiendo que si lo vas a jugar no lo leas

)
- En la primera parte Liquid explica a Solid Snake que forman parte de un proyecto de clonación llamado "Los Enfants Terribles" (o como se escriba) en el cual de 8 fetos iniciales solo quedaron ellos 2, Liquid con los genes recesivos y Solid con los predominantes (creo que al final dicen que es al revés), ¿Solidus era uno de esos 8 fetos o formaba parte de otro proyecto?
Liquid estaba engañado en dos cosas: en que tenía los genes recesivos (tenía los dominantes mientras que Solid tenía los recesivos) y en que hubo un tercer clon, Solidus, el cual es un clon perfecto de Big Boss. Así que forma parte del mismo proyecto que Solid y Liquid.
- El Liquid que sale en los trailers de MGS4, ¿es realmente Ocelot con el brazo amputado de Liquid?
Sí, es Liquid Ocelot, es decir Ocelot con la personalidad de Liquid.
Algunas de las preguntas están un poco a medio responder, o quizás me he saltado algún punto o me he colado en alguno, es lo que tiene postear cansado a estas horas.

Si falta algo o me he equivocado, que alguien me corrija.

Un saludo y espero haberte ayudado ^^