¿Por qué intentas usar algo que no sabes para qué sirve?
$id es una variable. Si $id no contiene valor, se incluirá el contenido de principal.php (debería de ser la página principal del sitio), si $id contiene algo, por ejemplo, $id="caracoles", se incluirá el contenido de caracoles.php y, si caracoles.php no existe, se incluirá el contenido de error404.php.
En principal.php debes de poner el contenido de la portada del sitio, con los enlaces a los demás sitios, etc. Y luego ya tendrás que tener un archivo .php por cada sección. Y este código que pones iría en un supuesto index.php, con todas las cabeceras y el resto de bloques de la página excepto el contenido.
Luego puedes acceder a cada página con un enlace del tipo
caracoles, o mediante un formulario, etc.