Si tienes XP, en el "Panel de control->opciones de energía" puedes configurar la suspension de los discos por inactividad.
Al ser un HD externo no tengo la seguridad de esto funcione pero por probar...
A mi tb me pasa con un disco IDE secundario que tengo pero no lo veo tan molesto y prefiero que el disco descanse cuando no lo uso.
Saludos