Yo del MSconfig verdaderamente no tocaría nada.Dejarlo todo como está,e intentar quitar el icono mediante las opciones del mismo es la mejor elección,creo yo.
Yo creo que las actualizaciones en absoluto afectan con el rendimiento.Al instalar un XP con SP2,si accedes a Windows Update en ese momento,recibes como 80 actualizaciones del ala,y,al instalarlas,el ordenador,no es que te vaya a ir más lento,sino que está actualizado.Revisa tu ordenador en busca de Spyware o virus,la verdad.
Y desinstarla menos aconsejable aún,es entonces cuando puedes volver al sistema inestable(pese a que se deja desinstalar).
Si tan lento lo notas,después de haberte metido en WU,prueba a hacer una restauración en Windows,justo antes cuando instalaste la actualización.
Inicio->Programas->Accesorios->Herramientas del sistema->Restaurar Sistema.
Suerte.