Hola luisborge,
yo he montado recientemente una tarjeta que viene con la posibilidad de instalar un sistema SLI, la tarjeta es una Geforce 9800 GX2, en una placa que viene con al posibilidad de montar un sistema Crossfire, la ASUS Maximus Extreme, y me funciona perfectamente. Eso sí me imagino, con lo que no te lo puedo asegurar, que si intentase montar 2 tarjetas de vídeo mediante SLI en esta placa me daría un problema, pero con una no hay problemas.
En cuanto a cual es mejor... Por la red encuentras un montón de comparativas que ponen mejor a unas o a otras, va por gustos personales. Pero sí parece, a tenor de lo que he leído por ahí, que las NVIDIA están algo por encima en cuanto a potencia y resultados de los test que les han hecho a la dos más potentes ahora mismo, la Geforce NVidia 9800 GX2 y la ATI Raedon 3870 X2. Máxime si tenemos en cuenta que la Nvidia lleva poco tiempo en el mercado y no hay mucho software que le saque el máximo provecho a este pedazo de tarjeta.
En cualquier caso, creo que cualquiera de las dos opciones es válida y estupenda para jugar. Si encima montas dos tarjetas, con su configuración SLI o Crossfire, de las más potentes como las que te mencioné antes, tienes potencia gráfica para años y al más alto nivel. Sin problemas de ningún tipo para jugar a cualquier juego con requerimientos gráficos altos a las máximas prestaciones gráficas.
Espero haberte aclarado y/o ayudado algo.
Salu2.