Cuando selecciones esa partición como first boot, el sistema no encontrará ninguna instrucción de arranque, te dirá que no hay ningún S.O instalado y no arrancará.
Si te es necesario formatear y hacer una instalación limpia, lo más factible es un lector externo o bien ir al metodo que te he expuesto en el primer post.
Tienes otra opción que va a depender del estado en el que se encuentre tu lector, si es ya un ladrillo no podrás hacer nada, pero puedes probar a flashearlo con un firmware actualizado, o bien si te deja con el mismo firmware que ya tiene instalado, personalmente he revivido varios lectores y grabadoras que habian empezado a dar problemas actualizandoles el firmware.
Podrás encontrarlo en la pagina del fabricante de tu portatil o bien buscando el modelo exacto del lector, es la única opción viable que se me ocurre, espero que tengas suerte, saludos.