Salvar programa para poder formatear

Hola gente,

En vista de los problemas tremendos que nos está dando el Vista a mi novia y a mí, estoy pensando en formatear y hacer una instalación limpia del sistema. Lo único que tenemos que tener en cuenta es que ella está haciendo este curso de inglés, y por motivos de trabajo debe tenerlo terminado para cierta fecha y no puede permitirse perder lo que ya tiene hecho.

En Linux sé que copiando ~/.programa lo tendría solucionado, pero en Windows no tengo ni idea de cómo pueden preservarse los datos relativos a un programa. ¿Qué tendría que hacer? ¿Hacer una copia de los datos de Archivos de programa/programa, reinstalar y volverlos a sobreescribir con la copia?
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