Hombre pueden ser varios motivos:
- Demasiada basura en el PC, metele algun programa de limpieza de disco duro, CCleaner por ejemplo
- Disco duro tocado (poco provable)
- Lector tocado, al leer mal los sectores, debe leerlos otra vez y tarda mucho más.
- Programa o spyware que está saturando tu procesador o disco duro, mira en la lista de tareas a ver si hay alguno chupando mucho, o escucha el disco, sin hacer nada, y fijate si está rascando o no.
El windows defender creo que cada pocos minutos hace unas comprovaciones al disco duro, bajando mucho el rendimiento y haciendo que esté leyendo continuamente, fijate que no tenga ninguna tarea o desactivalo directamente.
Si no has tocado nada de cableado/componentes de la torre, es lo unico que puede ocurrirte.