Yo ejecutaría una reparación de Windows (ya sabes, con el CD, lo arrancas al iniciar y reparas en vez de instalar) y luego pasaría unos cuantos limpiadores (Spy-bot, CCleaner, Ad-Aware, NOD32 etc...) por si es un simple truquillo.
Edito: Creo que además del de Windows hay otros 'startup repairers', si no te va el de Windows igual esos te ayudan.
Un saludo.
