Pues con cualquier editor de video. Lo que pasa que es un proceso algo pesado. Programas como los que buscas, pues yo para mis DVDs con un PC uso DVDshrink, pero imagino que no vale para videos en mkv. No se si habrá para PC versiones de STOMP o VisualHub. Pero estos van realmente perfectos. A ver si alguien con más conocimientos de edición de video en windows te ayuda mejor.