Lo que yo haría, si en modo seguro arranca, sacaria todo lo que me interesara y usaria la recuperacion del sistema que ya sea por una particion o por CD's de recuperacion tendrás. Puede que simplemente con el restaurar sistema del propio windows vista obtengas un buen resultado. De todas formas no das mucha informacion y no se te puede ayudar mucho sin más datos. Puede ser de muchas cosas.
Saludos