Hay algo que suele solucionar esos problemas, tanto como para pasar de Windows 98 a XP, como de las diferentes versiones del propio XP o Vista, y es reinstalar 2 veces en vez de una sola.
A la segunda ya no te pregunta qué SO arrancar, si preguntas por otro medio más rápido la verdad es que lo desconozco.
Un saludo.
