Bueno, como lo que quieres es separar el video y el audio para luego unirlos en un mkv es algo mas complejo. Para unir los videos, lo primero es asegurarte de que los 3 tengan el mismo formato, resolucion, framerate. Luego por ejemplo, con un programa para unir videos como el virtual dub mod, los unes cargando el primero y añadiendo el segundo y luego el tercer(append video file). Luego das a guardar como, y le das el nombre al avi final. Luego tienes que cargar el avi final y guardar por separado el video y la pista de audio. Para encodearlo en mkv debes usar por ejemplo el mkvmerge para muxear dicha pista de audio y la de video. Esto es una explicación de forma muy rapida, en foros mas especializados deberias encontrar la explicacion mas detallada u otros métodos..
salu2.