Si tienes un HDD que solo utilizas para determinados programas no variables y el SO o SOs, podría agilizar los tiempos de carga al no estar escribiendo, reescribiendo y modificando continuamente como es habitual. Por eso algunos optan por comprar un disco duro de no muy altacapacidad de almacenamiento, unos 150Gb, pero de altas prestaciones (de unas 10000rpm como sería el caso de un Raptor)pero son caros y meten bastante ruido.
Si tienes un disco duro de características iguales o superiores al que tienes también sería recomendable instalarle el SO, los programas que más utilices y no tocarlo. Seguramente te agilizaría las cargas de estos.