A mi me estuvo pasando algo similar a lo tuyo, pero a mi era al minimizar las ventanas xD, me pasaba una vez por semana o asi.
pense que era fallo del compiz, pero tenia el micro overclokeado, le vaje un poco los herzios y ya no me a pasado nunca mas, de eso hace ya 2 meses, y no me ha vuelto a pasar.
si tienes el micro oceado prueba a bajarle un poco
Saludos!