Pues que raro, porque yo hice lo mismo y si que me dejaba, de todas formas, la instalacion de ubuntu predefinidamente de formatea el disco duro, asique si no te fijaste puede que te cargaras el windows.
Configurar el grub es bastante lioso, sobretodo si no sabes la direccion de la particion de windows en el grub.....prueba a buscar en algun foro de ubuntu, si mal no recuerdo tienes q acceder a la carpeta boot, grub y desde ahi modificar el archivo menu.lst añadiendo la direccion de la particion.
