Depende que Windows quieras instalar. Todos sabemos que el XP de 32 bits funciona muy bien, pero aunque yo no lo he probado me han hablado mal y puedes leer cosas por ahí del mal funcionamiento de la version de 64 bits. Ahora mismo en mi equipo, tengo una partición con Windows XP SP2 de 32 bits (que ya no uso pero la tengo ahí, por si acaso) y en la otra Windows Vista Ultimate x64. La verdad, no se si será por el SO, por los 64 bits o por que lo tengo actualizado y con el SP1 RC1 instalado pero me encanta su rapidez y fluidez. Respecto a temas de compatibilidad, yo aún no me he topado con ningún problema, tanto aplicaciones de 64 bits (pocas) como las de 32 funcionan fenomenal.
Y como ultima aclaracion.. decirte que mi equipo es de lo más modesto. Eso de que el vista necesitaba mucho para correr bien.. ya no es así..
Saludos
