Si afecta al mbr (master boot record), en teoría tras instalar debian debes editar un archivo que se llama menu.lst donde pones las opciones de los sistemas que deseas arrancar. Si por casualidad o porque no haya salido algo bien necesitas volver al mbr anterior puedes utilizar un disco de arranque de windows y ejecutar por ejemplo fdisk /mbr, aunque creo que ya existe algún otro comando.
