Si tienes la partición root (/) en una partición distinta a home, formateando / e instalando volverás a tener el Ubuntu como recién sacadito de la cocina, ya que conservarás la gran mayoría de los archivos de configuración de tus programas.
Si tienes / y /home en la misma partición del disco duro, puede que ésta sea una buena ocasión para separar ambas particiones.