Lo unico que puede darte mínimamente problemas son los drivers, pero si tienes buenos componentes eso deja de ser un mal de cabeza
Lo que más deja de funcionar correctamente son las Webcams. En cuanto a programas ningún problema, para eso Vista ya tiene 2 Archivos de programa, para x86 y x64.
Yo tengo isntalado XP 32 y Vista 64 (más que nada para ir probando diferentes rendimientos), y con el Vista no tengo ningún problema, es más, noto hasta mejoría en algunos juegos y aplicaciones. (que menos se puede esperar de un SO, por muy verde y chapucero que sea... al menos algo debe mejorar)